nûçe

Di deh salên borî de, teknolojiya rêzkirina genan bi berfirehî di lêkolîna penceşêrê û pratîka klînîkî de hatiye bikar anîn, û bûye amûrek girîng ji bo eşkerekirina taybetmendiyên molekulî yên penceşêrê. Pêşketinên di teşhîsa molekulî û terapiya hedefgirtî de pêşxistina têgehên terapiya rastbûna tumorê pêşve xistine û guhertinên mezin li tevahiya qada teşhîs û dermankirina tumorê anîne. Testa genetîkî dikare ji bo hişyarkirina rîska penceşêrê, rêberiya biryarên dermankirinê û nirxandina pêşbîniyê were bikar anîn, û amûrek girîng e ji bo baştirkirina encamên klînîkî yên nexweşan. Li vir, em gotarên dawî yên ku di kovarên CA Cancer J Clin, JCO, Ann Oncol û yên din de hatine weşandin kurteber dikin da ku sepandina testa genetîkî di teşhîs û dermankirina penceşêrê de binirxînin.

Mutasyonên somatîk û mutasyonên xêza germî. Bi gelemperî, penceşêr ji ber mutasyonên DNA-yê çêdibe ku dikarin ji dêûbavan werin mîras kirin (mutasyonên xêza germî) an jî bi temen re werin bidestxistin (mutasyonên somatîk). Mutasyonên xêza germî ji jidayikbûnê ve hene, û mutator bi gelemperî mutasyona di DNA-ya her şaneyek di laş de hildigire û dikare ji nifşên din re were veguheztin. Mutasyonên somatîk ji hêla kesan ve di şaneyên ne-gametîk de têne bidestxistin û bi gelemperî ji nifşên din re nayên veguheztin. Hem mutasyonên xêza germî û hem jî yên somatîk dikarin çalakiya fonksiyonel a normal a şaneyan hilweşînin û bibin sedema veguherîna xerab a şaneyan. Mutasyonên somatîk ajokerek sereke ya xerabiyê ne û nîşaneya biyolojîk a herî pêşbînîker di onkolojiyê de ne; lêbelê, bi qasî 10 heta 20 ji sedî nexweşên tumor mutasyonên xêza germî hildigirin ku xetera penceşêra wan bi girîngî zêde dikin, û hin ji van mutasyonan di heman demê de dermanker in.
Mutasyona ajokar û mutasyona rêwiyan. Ne hemû guhertoyên DNAyê bandorê li fonksiyona şaneyan dikin; bi navînî, pênc heta deh bûyerên genomîk, ku wekî "mutasyonên ajokar" têne zanîn, hewce ne ku hilweşîna normal a şaneyan bidin destpêkirin. Mutasyonên ajokar pir caran di genên ku bi çalakiyên jiyana şaneyan ve girêdayî ne de çêdibin, wekî genên ku di rêkxistina mezinbûna şaneyan, tamîrkirina DNAyê, kontrolkirina çerxa şaneyan û pêvajoyên din ên jiyanê de beşdar in, û xwedî potansiyela ku wekî hedefên dermankirinê werin bikar anîn. Lêbelê, hejmara giştî ya mutasyonan di her penceşêrê de pir mezin e, ji çend hezarî di hin penceşêrên memikê de heya zêdetirî 100,000 di hin penceşêrên kolorektal û endometriumê yên pir guherbar de diguhere. Piraniya mutasyonan girîngiya biyolojîkî tune an jî sînordar e, her çend mutasyon di herêma kodkirinê de çêbibe jî, bûyerên mutasyonê yên bêwate yên weha wekî "mutasyonên rêwiyan" têne binavkirin. Ger guhertoyek genê di celebek tumorek taybetî de bersiva xwe an berxwedana xwe ya li hember dermankirinê pêşbînî bike, guherto wekî klînîkî wekî xebitandinbar tê hesibandin.
Onkojen û genên tepeserkirina tumorê. Genên ku di penceşêrê de pir caran mutasyon dibin, dikarin bi giranî li du kategoriyan werin dabeş kirin, onkojen û genên tepeserkirina tumorê. Di şaneyên normal de, proteîna ku ji hêla onkojenan ve tê kodkirin bi giranî rola pêşvebirina zêdebûna şaneyan û astengkirina apoptoza şaneyan dilîze, di heman demê de proteîna ku ji hêla genên onkosupresor ve tê kodkirin bi giranî berpirsiyar e ku dabeşbûna şaneyan bi rengek neyînî rêk bixe da ku fonksiyona normal a şaneyan biparêze. Di pêvajoya veguherîna xerab de, mutasyona genomîk dibe sedema zêdebûna çalakiya onkojenê û kêmkirin an windabûna çalakiya gena onkosupresor.
Guherîna biçûk û guherîna avahîsaziyê. Ev du cureyên sereke yên mutasyonên di genomê de ne. Guhertoyên biçûk DNAyê bi guhertin, jêbirin, an zêdekirina hejmareke piçûk ji bingehan diguherînin, di nav de danîna bingehê, jêbirin, guheztina çarçoveyê, destpêkirina windabûna kodonê, rawestandina windabûna kodonê mutasyon, û hwd. Guherîna avahîsaziyê ji nû ve rêzkirina genomê ya mezin e, ku beşên genê yên ku ji çend hezar bingehan bigire heya piraniya kromozomê diguherin vedihewîne, di nav de guhertinên jimara kopiyên genê, jêbirina kromozomê, dubarekirin, berevajîkirin an veguhastin. Ev mutasyon dikarin bibin sedema kêmkirin an zêdekirina fonksiyona proteînê. Ji bilî guhertinên di asta genên takekesî de, îmzeyên genomîk jî beşek ji raporên rêzkirina klînîkî ne. Îmzeyên genomîk dikarin wekî qalibên tevlihev ên guherînên piçûk û/an avahîsaziyê werin dîtin, di nav de barkirina mutasyona tumorê (TMB), bêîstîqrariya mîkrosatelît (MSI), û kêmasiyên ji nû ve kombînasyona homolog.

Mutasyona klonal û mutasyona subklonal. Mutasyonên klonal di hemî şaneyên tumorê de hene, di dema teşhîsê de hene, û piştî pêşveçûna dermankirinê jî dimînin. Ji ber vê yekê, mutasyonên klonal xwedî potansiyel in ku wekî hedefên dermankirina tumorê werin bikar anîn. Mutasyonên subklonal tenê di komek şaneyên penceşêrê de hene û dibe ku di destpêka teşhîsê de werin tespît kirin, lê bi dubarebûna paşê winda dibin an jî tenê piştî dermankirinê xuya dibin. Nehevsengiya penceşêrê behsa hebûna gelek mutasyonên subklonal di yek penceşêrê de dike. Bi taybetî, piraniya mutasyonên ajoker ên klînîkî yên girîng di hemî cureyên penceşêrê yên hevpar de mutasyonên klonal in û di tevahiya pêşveçûna penceşêrê de sabît dimînin. Berxwedan, ku pir caran ji hêla subklonan ve tê navbeynkar kirin, dibe ku di dema teşhîsê de neyê tespît kirin lê dema ku piştî dermankirinê dubare dibe xuya dibe.

Teknîka kevneşopî FISH an karyotîpa hucreyê ji bo tespîtkirina guhertinên di asta kromozomî de tê bikar anîn. FISH dikare ji bo tespîtkirina yekbûn, jêbirin û zêdekirina genan were bikar anîn, û wekî "standarda zêrîn" ji bo tespîtkirina guhertoyên weha tê hesibandin, bi rastbûn û hesasiyetek bilind lê bi rêhberiya sînorkirî. Di hin nexweşiyên xerab ên hematolojîk de, nemaze lûkemiya akût, karyotîpkirin hîn jî ji bo rêberiya teşhîs û pêşbîniyê tê bikar anîn, lê ev teknîk hêdî hêdî bi ceribandinên molekulî yên hedefgirtî yên wekî FISH, WGS, û NGS ve tê guhertin.
Guhertinên di genên ferdî de dikarin bi PCR-ê, hem PCR-ya demrast û hem jî PCR-ya dilopa dîjîtal, werin tespît kirin. Van teknîkan hesasiyeteke bilind heye, bi taybetî ji bo tespîtkirin û çavdêriya birînên piçûk ên mayî guncan in, û dikarin di demek nisbeten kurt de encaman bi dest bixin, dezavantaja wê ew e ku rêjeya tespîtkirinê bi sînor e (bi gelemperî tenê mutasyonên di yek an çend genan de tespît dikin), û şiyana ceribandinên pirjimar bi sînor e.
Îmmunohîstokîmya (IHC) amûrek çavdêriyê ya li ser bingeha proteînê ye ku bi gelemperî ji bo tespîtkirina îfadeya nîşankerên biyolojîk ên wekî ERBB2 (HER2) û wergirên estrogenê tê bikar anîn. IHC dikare ji bo tespîtkirina proteînên mutasyonkirî yên taybetî (wek BRAF V600E) û hevgirtinên genên taybetî (wek hevgirtinên ALK) jî were bikar anîn. Feydeya IHC ew e ku ew dikare bi hêsanî di pêvajoya analîza rûtîn a tevnê de were entegre kirin, ji ber vê yekê ew dikare bi testên din re were hev kirin. Wekî din, IHC dikare agahdarî li ser cîhê proteîna binhucreyî peyda bike. Dezavantaj pîvanbariya sînorkirî û daxwazên rêxistinî yên bilind in.
Rêzkirina nifşê duyem (NGS) NGS teknîkên rêzkirina paralel a bi rêjeya bilind bikar tîne da ku guherînên di asta DNA û/an RNA de tespît bike. Ev teknîk dikare ji bo rêzkirina hem tevahiya genomê (WGS) û hem jî herêmên genê yên balkêş were bikar anîn. WGS agahdariya mutasyona genomîk a herî berfireh peyda dike, lê gelek astengî li pêşiya sepandina wê ya klînîkî hene, di nav de hewcedariya nimûneyên şaneyên tumorê yên nû (WGS hîn ji bo analîzkirina nimûneyên bi formalînê hatine bêmobîlîzekirin ne guncaw e) û lêçûna bilind.
Rêzkirina NGS ya armanckirî rêzkirina tevahiya eksonê û panela gena hedef vedihewîne. Ev test herêmên balkêş bi probên DNA an jî amplîfîkasyona PCR dewlemend dikin, bi vî awayî mîqdara rêzkirina pêwîst sînordar dikin (tevahiya eksonê ji sedî 1 heta 2ê genomê pêk tîne, û tewra panelên mezin ên ku 500 genan dihewînin jî tenê ji sedî 0,1ê genomê pêk tînin). Her çend rêzkirina tevahiya eksonê di tevnên bi formalînê ve sabît de baş dixebite jî, lêçûna wê bilind dimîne. Têkelên genên hedef nisbeten aborî ne û di hilbijartina genên ku werin ceribandin de nermbûnê dihêlin. Wekî din, DNAya azad a di gerê de (cfDNA) wekî vebijarkek nû ji bo analîza genomîk a nexweşên penceşêrê derdikeve holê, ku wekî biyopsiyên şile tê zanîn. Hem şaneyên penceşêrê û hem jî şaneyên normal dikarin DNAyê berdin nav xwînê, û DNAya ku ji şaneyên penceşêrê tê rijandin jê re DNAya tumorê ya di gerê de (ctDNA) tê gotin, ku dikare were analîz kirin da ku mutasyonên potansiyel di şaneyên tumorê de were tespît kirin.
Hilbijartina testê bi pirsgirêka klînîkî ya taybetî ve girêdayî ye ku were çareserkirin. Piraniya nîşankerên biyolojîk ên bi dermankirinên pejirandî ve girêdayî dikarin bi teknîkên FISH, IHC, û PCR werin tespîtkirin. Ev rêbaz ji bo tespîtkirina mîqdarên piçûk ên nîşankerên biyolojîk maqûl in, lê ew bi zêdebûna rêwerzê re karîgeriya tespîtkirinê baştir nakin, û heke pir nîşankerên biyolojîk werin tespîtkirin, dibe ku ji bo tespîtkirinê têra tevn tune be. Di hin penceşêrên taybetî de, wekî penceşêra pişikê, ku nimûneyên tevnîkî dijwar in ku werin bidestxistin û gelek nîşankerên biyolojîk hene ku werin ceribandin, karanîna NGS vebijarkek çêtir e. Di encamê de, hilbijartina ceribandinê bi hejmara nîşankerên biyolojîk ên ku ji bo her nexweşek têne ceribandin û hejmara nexweşên ku ji bo nîşankerê têne ceribandin ve girêdayî ye. Di hin rewşan de, karanîna IHC/FISH têr e, nemaze dema ku hedef hatibe destnîşankirin, wekî tespîtkirina wergirên estrogen, wergirên progesteron, û ERBB2 di nexweşên penceşêra memikê de. Heke lêkolînek berfirehtir a mutasyonên genomîk û lêgerîna armancên dermankirinê yên potansiyel hewce be, NGS rêxistinkirîtir û lêçûn-bandortir e. Wekî din, NGS dikare di rewşên ku encamên IHC/FISH nezelal an nezelal in de were hesibandin.

Rêbernameyên cuda rêbernameyê didin ka kîjan nexweş divê ji bo ceribandina genetîkî mafdar bin. Di sala 2020an de, Koma Xebatê ya Dermanê Teqez a ESMOyê pêşniyarên ceribandina NGSê yên yekem ji bo nexweşên bi kansera pêşketî derxist, ku ceribandina NGSê ya rûtîn ji bo kansera pişikê ya ne-squamous a ne-hucreya piçûk a pêşketî, kansera prostatê, kansera kolorektal, kansera rêça safrayê, û nimûneyên tumorên kansera hêkdankê pêşniyar kir, û di sala 2024an de, ESMOyê li ser vê bingehê nûve kir, pêşniyar kir ku kansera pêsîrê û tumorên kêm werin zêdekirin. Wekî tumorên stromal ên gastrointestinal, sarkoma, kanserên tîroîdê û kanserên bi eslê xwe nenas.
Di sala 2022an de, Raya Klînîkî ya ASCOyê li ser ceribandina genoma somatîk li nexweşên bi penceşêra metastatîk an pêşketî de diyar dike ku ger terapiyek bi nîşankerên biyolojîkî ve girêdayî li nexweşên bi tumorên zexm ên metastatîk an pêşketî were pejirandin, ji bo van nexweşan ceribandina genetîkî tê pêşniyar kirin. Bo nimûne, ceribandina genomîk divê li nexweşên bi melanoma metastatîk were kirin da ku ji bo mutasyonên BRAF V600E were şopandin, ji ber ku astengkerên RAF û MEK ji bo vê nîşanê hatine pejirandin. Wekî din, divê ceribandina genetîkî jî were kirin ger nîşanek berxwedanê ya zelal ji bo dermanê ku ji nexweş re were dayîn hebe. Bo nimûne, Egfrmab di penceşêra kolorektal a mutant a KRAS de bêbandor e. Dema ku guncawbûna nexweşek ji bo rêzkirina genan tê hesibandin, divê rewşa laşî ya nexweş, nexweşiyên hevdem û qonaxa tumorê werin yek kirin, ji ber ku rêzeya gavên ku ji bo rêzkirina genoma hewce ne, di nav de razîbûna nexweş, pêvajoya laboratîfê û analîzkirina encamên rêzkirina, hewce dike ku nexweş kapasîteya laşî û bendewariya jiyanê ya têr hebe.
Ji bilî mutasyonên somatîk, divê hin penceşêr ji bo genên xeta germî jî werin ceribandin. Ceribandina mutasyonên xeta germî dikare bandorê li biryarên dermankirinê yên ji bo penceşêrên wekî mutasyonên BRCA1 û BRCA2 di penceşêrên memik, hêkdank, prostat û pankreasê de bike. Mutasyonên xeta germî dibe ku bandorê li ser pişkinîn û pêşîlêgirtina penceşêrê ya pêşerojê li nexweşan jî bikin. Nexweşên ku potansiyel ji bo ceribandina mutasyonên xeta germî guncan in, divê hin mercan bicîh bînin, ku faktorên wekî dîroka malbatê ya penceşêrê, temenê di teşhîsê de û celebê penceşêrê vedihewîne. Lêbelê, gelek nexweşên ku mutasyonên patogenîk di xeta germî de hildigirin, pîvanên kevneşopî ji bo ceribandina mutasyonên xeta germî li ser bingeha dîroka malbatê bicîh naynin. Ji ber vê yekê, ji bo herî zêde naskirina hilgirên mutasyonê, Tora Penceşêrê ya Berfireh a Neteweyî (NCCN) pêşniyar dike ku hemî an piraniya nexweşên bi penceşêra memik, hêkdank, endometrium, pankreas, kolorektal, an prostatê ji bo mutasyonên xeta germî werin ceribandin.
Bi têkildarî dema ceribandina genetîkî, ji ber ku piraniya mutasyonên ajoker ên klînîkî yên girîng klonî ne û di dema pêşveçûna penceşêrê de nisbeten sabît in, maqûl e ku di dema teşhîsa penceşêra pêşketî de ceribandina genetîkî li ser nexweşan were kirin. Ji bo ceribandina genetîkî ya paşê, nemaze piştî terapiya molekulî ya hedefgirtî, ceribandina ctDNA ji DNAya tevna tumorê sûdmendtir e, ji ber ku DNAya xwînê dikare DNAya ji hemî birînên tumorê hebe, ku ji bo bidestxistina agahdariya li ser nehevsengiya tumorê guncantir e.
Analîza ctDNA piştî dermankirinê dibe ku bikaribe bersiva tumorê ya li hember dermankirinê pêşbînî bike û pêşveçûna nexweşiyê zûtir ji rêbazên wênekirinê yên standard tespît bike. Lêbelê, protokolên karanîna van daneyan ji bo rêberiya biryarên dermankirinê nehatine saz kirin, û analîza ctDNA nayê pêşniyar kirin heya ku di ceribandinên klînîkî de nebe. ctDNA dikare ji bo nirxandina birînên piçûk ên mayî piştî emeliyata tumorê ya radîkal jî were bikar anîn. Ceribandina ctDNA piştî emeliyatê pêşbînkerek bihêz a pêşveçûna nexweşiyê ya paşê ye û dibe ku bibe alîkar ku were destnîşankirin ka nexweşek dê ji kemoterapiya alîkar sûd werbigire, lê dîsa jî nayê pêşniyar kirin ku ctDNA li derveyî ceribandinên klînîkî ji bo rêberiya biryarên kemoterapiya alîkar were bikar anîn.

Pêvajoya Daneyan Gava yekem di rêzkirina genomê de derxistina DNAyê ji nimûneyên nexweşan, amadekirina pirtûkxaneyan û çêkirina daneyên rêzkirina xav e. Daneyên xav hewceyê pêvajoya bêtir in, di nav de fîlterkirina daneyên bi kalîteya nizm, berawirdkirina wan bi genomê referansê re, destnîşankirina celebên cûda yên mutasyonan bi rêya algorîtmayên analîtîk ên cûda, destnîşankirina bandora van mutasyonan li ser wergerandina proteînê, û fîlterkirina mutasyonên xeta germinasyonê.
Têbînîkirina gena ajokar ji bo cudakirina mutasyonên ajokar û rêwiyan hatiye çêkirin. Mutasyonên ajokar dibin sedema windabûn an zêdekirina çalakiya gena tepeserkirina tumorê. Guhertoyên piçûk ên ku dibin sedema neçalakkirina genên tepeserkirina tumorê mutasyonên bêwate, mutasyonên çerçoveguheztinê, û mutasyonên cihê splicingê yên mifteyê, û her weha jêbirina kodona destpêkê ya kêmtir, jêbirina kodona rawestandinê, û rêzek fireh ji mutasyonên danîn/jêbirina intronê hene. Wekî din, mutasyonên xelet û mutasyonên danîn/jêbirina intronê yên piçûk jî dikarin bibin sedema windakirina çalakiya gena tepeserkirina tumorê dema ku bandorê li ser domênên fonksiyonel ên girîng dikin. Guhertoyên avahîsaziyê yên ku dibin sedema windakirina çalakiya gena tepeserkirina tumorê jêbirina genê ya qismî an tevahî û guhertoyên din ên genomîk hene ku dibin sedema hilweşandina çarçoveya xwendina genê. Guhertoyên piçûk ên ku dibin sedema zêdebûna fonksiyona onkogenan mutasyonên xelet û danîn/jêbirina intronê yên carinan hene ku domênên fonksiyonel ên proteînê yên girîng hedef digirin. Di rewşên kêm de, qutkirina proteînê an mutasyonên cihê splicingê dikarin bibin sedema çalakkirina onkogenan. Guhertoyên avahîsaziyê yên ku dibin sedema çalakkirina onkogenê hevgirtina genê, jêbirina genê, û dubarekirina genê hene.
Şîrovekirina klînîkî ya guherîna genomîk girîngiya klînîkî ya mutasyonên hatine destnîşankirin, ango nirxa wan a potansiyel a teşhîs, pêşbîniyê, an dermankirinê dinirxîne. Çend pergalên nirxandinê yên li ser bingeha delîlan hene ku dikarin ji bo rêberiya şîrovekirina klînîkî ya guherîna genomîk werin bikar anîn.
Databasa Onkolojiya Dermanê Precision (OncoKB) ya Navenda Penceşêrê ya Memorial Sloan-Kettering varyantên genan li gorî nirxa wan a pêşbînîkirinê ji bo karanîna dermanan li çar astan dabeş dike: Asta 1/2, nîşankerên biyolojîk ên ji hêla FDA ve hatine pejirandin, an klînîkî-standard ku bersiva nîşaneyek taybetî ji bo dermanek pejirandî pêşbînî dikin; Asta 3, nîşankerên biyolojîk ên ji hêla FDA ve hatine pejirandin an nepejirandî ku bersiva dermanên nû yên hedefgirtî yên ku di ceribandinên klînîkî de soz nîşan dane pêşbînî dikin, û Asta 4, nîşankerên biyolojîk ên nepejirandî yên FDA ku bersiva dermanên nû yên hedefgirtî yên ku di ceribandinên klînîkî de delîlên biyolojîkî yên bawerbar nîşan dane pêşbînî dikin. Bingehek pêncemîn a bi berxwedana dermankirinê ve girêdayî hate zêdekirin.
Rêbernameyên Civaka Amerîkî ya Patolojiya Molekulî (AMP)/Civata Amerîkî ya Onkolojiya Klînîkî (ASCO)/Koleja Patologên Amerîkî (CAP) ji bo şîrovekirina guherîna somatîk guherîna somatîk li çar kategoriyan dabeş dikin: Asta I, bi girîngiya klînîkî ya xurt; Asta II, bi girîngiya klînîkî ya potansiyel; Asta III, girîngiya klînîkî nayê zanîn; Asta IV, nayê zanîn ku ji hêla klînîkî ve girîng e. Tenê guhertoyên pola I û II ji bo biryarên dermankirinê girîng in.
Pîvana Xebata Klînîkî ya Armanca Molekulî (ESCAT) a ESMOyê guhertoyên genan li şeş astan dabeş dike: Asta I, hedefên ku ji bo karanîna rûtîn guncaw in; Qonaxa II, hedefek ku hîn jî tê lêkolîn kirin, îhtîmal e ku ji bo ceribandina nifûsa nexweşên ku dikarin ji dermanê hedef sûd werbigirin were bikar anîn, lê ji bo piştgiriya wê bêtir daneyan hewce ne. Asta III, guhertoyên genên hedefgirtî yên ku di cureyên din ên penceşêrê de sûdê klînîkî nîşan dane; Asta IV, tenê guhertoyên genên hedefgirtî yên ku ji hêla delîlên pêş-klînîkî ve têne piştgirî kirin; Di pileya V de, delîl hene ku girîngiya klînîkî ya hedefgirtina mutasyonê piştgirî dikin, lê terapiya yek-derman li dijî hedefê domandina jiyanê dirêj nake, an jî stratejiyek dermankirina tevlihev dikare were pejirandin; Asta X, nebûna nirxa klînîkî.